۱. آنزیم‌ها با رنگ آبی مشخص شده‌اند.
۲. کوآنزیم‌ها با رنگ قرمز و سایر اجزایی که در واکنش شرکت دارند با رنگ مشکی مشخص هستند.
۳. رنگ فلش‌ها نوع ارگانیسمی را نشان می‌دهد که در آن واکنش مشاهده شده و یا احتمال دارد که واکنش رخ دهد:
مسیرهای کلی بیوشیمیایی
گیاهان آوندی
حیوانات
موجودات تک سلولی + قارچ‌ها
فلش‌های نقطه چین برای مسیرهای کاتابولیک و خطوط پیوسته برای مسیرهای آنابولیک و دو طرفه (آمفیبولیک) استفاده می‌شود.
نقاط موجود در دو سر فلش نشان دهنده برگشت‌پذیری است.
فلش نارنجی رنگی که در کنار آن وجود دارد جهت مورد نظر را نشان می‌دهد.
۴. اثرات تنظیم کننده به رنگ نارنجی نشان داده شده است. یون‌های فلزی و فعال کننده‌های مشابه در کنار فلش واکنش قرار دارند.
عوامل با تنظیم سریع "جریان" (به عنوان مثال با مکانیسم‌های آلوستریک) دارای فلش نارنجی رنگی هستند.
عوامل با تنظیم آهسته "جریان" (به عنوان مثال القاء یا سرکوب سنتز آنزیم) دارای یک فلش نقطه چین نارنجی هستند.
نشان دهنده افزایش فعالیت آنزیمی است.
نشان دهنده کاهش فعالیت آنزیمی است.
اعداد رومی نشان می‌دهد که تنها یکی از چندین آنزیم به این ترتیب تنظیم می‌شود.
تنظیم کننده‌های نشان داده شده در پرانتز تنها در یک گروه یا یک گونه از موجودات زنده موثر هستند.
۵. ترکیبات محصور در باکس‌هایی با دور خط سیاه و تیز در چندین نقطه در نمودار وجود دارد. کوآنزیم ها یا ترکیبات با ساختار بسیار ساده در باکس‌ها وجود ندارند.
۶. بعضی اوقات باکس‌هایی با گوشه های گرد در بخش ۲ برای نشان دادن آنزیم ها به کار رفته است. (آنزیم غیر فعال به رنگ سیاه و آنزیم فعال به رنگ آبی)
توالی پروتئین با علامت اختصاری زیر مشخص می‌شود
۷. اسامی موجود در باکس‌‌های نارنجی نشان دهنده ضایعات یا محصولات نهایی متابولیسم است.
۸. در مورد ترکیبات یونیزه، نام نمک مطابق با نام آنزیم استفاده می‌شود.
فرمول‌های ساختاری اسید یا باز آزاد را نشان می‌دهند.
از آنجا که اغلب در pH فیزیکولوژیکی درجه‌های مختلف یونیزاسیون به طور همزمان رخ می‌دهد، مشارکت +Hیا -OH نشان داده نمی‌شود (مگر در+NADH+Hو+NADPH+H).
۹. P مخفف فسفات آلی ، Pi مخفف فسفات معدنی، PPi مخفف پیروفسفات است.
۱۰. همه اسیدهای آمینه می‌توانند توسط لیگازهای مناسب به tRNA مربوطه متصل شوند. برخی از این واکنش‌ها در اینجا به عنوان مثال نشان داده شده است.
۱۱. غشاء سلولی، غشاء شبکه آندوپلاسمی دستگاه گلژی و غیره دارای ضخامت تقریباً یکسانی هستند. اما به دلایل گرافیکی، در بخش 2 با عرض‌های مختلف ترسیم شده‌اند.
۱۲. علائم ژن‌ها با حروف کوچک نشان داده می‌شوند (به عنوان مثال raf) ، محصولات ژنی مربوطه (پروتئین‌ها) با حروف اول بزرگ نمایش داده شده‌اند. (به عنوان مثال Raf)
روش دیگر تعیین آن‌ها p 74c-raf است که وزن مولکولی (kD) و منشا (c = سلولی ، v = ویروس) را نشان می‌دهد.